La historia parte en la radioestación de Walaia, ubicada en la desembocadura de la Angostura Murray. Allí se ha desatado una tormenta eléctrica y un rayo ha destrozado la antena de transmisión radial, lo que impide al radioperador Alejandro Silva comunicarse con un barco que ha quedado atrapado en medio de la tormenta.
En Walaia se encuentran también el sargento Ulloa, el suboficial Poblete y el cabo mecánico Frías, estos dos últimos tratan de arreglar la antena. Una hora más tarde, el aparato ya está arreglado y Silva puede comunicarse con el barco en peligro. Se trata de la barca alemana "Flora", que había perdido sus mástiles. Se avisa a la Gobernación marítima de Punta Arenas y el vapor "Antártico" es enviado al rescate de la barca.
Luego de haber sido enviado el "Antártico", la dotación de Walaia se retira a descansar. En un momento de conversación, el sargento Ulloa anuncia que en sus vacaciones viajará a la Antártida con el Jefe Blanco en la goleta de un marinero llamado Geban. En ese tiempo, la Antártida era considerada una leyenda.
En ese momento, llega el "Antártico" con la tripulación rescatada de la "Flora". El Capitán del vapor invita a la dotación de Walaia a un cóctel organizado por el éxito del rescate; allí el contramaestre de la "Flora", oriundo de Chiloé, les explica que el capitán de la "Flora" se quedó con su barco, seguramente para cumplir con la vieja tradición del mar. Luego el vapor zarpa rumbo a Punta Arenas.
Al otro día, Alejandro Silva se encuentra a bordo del "Agamaca", el cúter de su hermano Manuel, alias el Jefe Blanco, junto al yagán Félix y el mismo dueño de la nave se encuentran navegando hacia la desembocadura de la Angostura Murray. El Jefe Blanco observa atentamente el horizonte, hasta que de pronto surge una goleta blanca que avanza a toda vela, pero que cambia de dirección muy suavemente, lo que le parece muy sospechoso al Jefe Blanco, quien conoce la goleta: es de Geban, un marinero ambicioso y ladrón. El Jefe Blanco ordena seguir a la goleta y cortarle el paso. Luego de una pequeña persecución, el "Agamaca" logra alcanzar a la goleta "Gaviota" y el Jefe Blanco la aborda e increpa a Geban por haber robado animales pertenecientes a Juan Carrasco, más conocido como Cauquenes. Luego, lo amenaza con denunciar el hurto a la justicia y le dice que ya no necesitará la goleta para el viaje a la Antártida.
Luego, van a denunciar el hurto a la oficina del subdelegado marítimo, ubicada en la isla Navarino. El subdelegado insiste en que la justicia tardará meses en llegar, pero les da unos papeles para que los firme Cauquenes. Van todos a la cueva donde vive y le dan los papeles. La cueva es un lugar muy austero, con sólo lo necesario para poder sobrevivir. Junto a Cauquenes vive también una anciana yagana que le hace compañía.
Cauquenes les cuenta su historia. Él era oriundo de Cauquenes, lo que explica su apodo homónimo. Era un gran terrateniente, pero perdió toda su riqueza en el juego. Pobre y desamparado, un anciano que lo vio crecer, don Nicasio, le dio sus ahorros de toda la vida para que pudiera irse del lugar. En ese momento, Cauquenes supo lo que era la verdadera generosidad. Desde entonces prefirió llevar una vida solitaria y austera.
En el viaje a la radioestación, Manuel le narra a su hermano unas leyendas yaganas sobre la desaparición de la centolla del Canal Beagle y sobre el "pingüino fantasma". Ésta habla sobre la historia de un joven jefe yagán que, en un período de hambre para su tribu, se convirtió en un pingüino real, ave muy preciada por los yaganes debido a su sabrosa carne, para poder salvar a su grupo.
Cuando llegan a la radioestación, se enteran que el Presidente de la República, don Pedro Aguirre Cerda, ha fallecido, por lo que la bandera chilena de la estación se encuentra a media asta. Finalmente, el sargento Ulloa anuncia que partirá esa misma tarde a la Antártida para poder clavar una bandera en memoria del fallecido Presidente. Alejandro, atraído por la aventura, habla con el suboficial Poblete para poder formar parte de la expedición, a lo que Poblete responde que sí. Luego de unos minutos, se embarcan rumbo a la Antártida.
Luego de días navegando en mar abierto, sin tierra a la vista, una noche el Jefe Blanco intenta pescar una vidriola (un dorado) usando carnada viva compuesta de peces nocturnos, perseguidos por una ballena. Sin embargo, saca un pez horroroso, con carne translúcida y lo deja colgado en el palo mayor. Minutos más tarde, una manada de ballenas azules pasa muy cerca del "Agamaca", causando una serie de enormes olas, muy peligrosas para el cúter. Al otro día, Félix ve el pez translúcido y lo toma como un mal presagio, por lo que lo arroja al mar nuevamente.
Días más tarde, divisan tierra, pero con sorpresa advierten que se trata de tierras más cálidas que las de la Patagonia. Recorren la costa, divisando una manada de elefantes marinos y un banco de algas que les impide alejarse de la costa. Siguen navegando varios días así, hasta que una mañana el sargento Ulloa divisa una especie de río que se internaba tierra adentro. Deciden navegar con el "Agamaca" para explorar más. Luego de unas 12 horas navegando sin novedad, se oye un crujido. El Jefe Blanco decide volver al mar, y comienzan a desandar el camino. Sin embargo, el río parecía angostarse cada vez más. ¡Estaban en una fractura del casquete! Cada vez se estrechaba más, hasta que en un momento el "Agamaca" no pudo seguir navegando. Sacaron las cosas indispensables para continuar el viaje a pie y se alejaron. Era el fin del "Agamaca".
Viajaron durante semanas; el primero en morir debido a las bajas temperaturas fue el yagán Félix. Luego, el sargento Ulloa, con su mente ya trastornada por la soledad del paisaje, creyó haber llegado al polo mismo y clavó una bandera que llevaba en honor al fallecido Presidente Pedro Aguirre Cerda. Al momento de clavarla en el suelo, el sargento resbala por una pendiente y no se lo ve más.
Un día, después de viajar muchos kilómetros, los hermanos Silva, únicos sobrevivientes de la expedición, divisan un caserío cercano al mar. Con sus últimas fuerzas llegan a la puerta de una de las casas. Manuel se desvanece unos metros antes y Alejandro, arrastrando a su hermano, se desmaya en la puerta. Un ballenero que se encontraba en el interior de la casa oye el ruido que provoca Alejandro al caer y sale de la misma. Inmediatamente comprueba el pulso de ambos hombres, que siguen vivos. Da cuenta de la situación a la radioestación del pueblo y un mensaje es enviado a la Gobernación marítima de Punta Arenas, la cual envía un avión a buscar a los hombres.
Unos días después Alejandro, ya en la radioestación de Walaia, envía un mensaje a su madre, quien vive en Talcahuano, diciéndole que él y su hermano se encuentran bien. También el Jefe Blanco se entera de que Geban fue detenido por la policía y es llamado a declarar en la oficina del subdelegado marítimo. Éste le da el documento oficial que dicta que los animales no pueden ser hurtados y le entrega una suma de dinero destinada a Cauquenes. Manuel va al refugio de Cauquenes, pero no encuentra a nadie. Luego de una búsqueda, encuentra el cadáver de Cauquenes y una nota, que dice que la anciana yagana ha muerto y que está enterrada donde él morirá. También explica que le deja los animales y el dinero a su cargo, para que pueda brindarles una vida mejor a los yaganes a su cargo.
